La inmunidad disparada por efectores se daría como última defensa, ya que tras sobrepasar la inmunidad disparada por PAMPs mediante efectores bacterianos, la planta tiene la oportunidad de reconocer esas proteínas utilizadas por el patógeno. Se trata del reconocimiento de unas moléculas específicas de cada patógeno, y no de forma general como la disparada por PAMPs.
Este tipo de inmunidad disparada por efectores antiguamente se conocía como reacción de hipersensibilidad (HR), una aparición de tejido necrótico en la zona donde se inoculaba el patógeno. Se trata de una muerte celular programada disparada en respuesta a patógenos, donde va a matar, a parte de sus células, al patógeno invasor.