Los microorganismos se localizan en microambientes, los cuales se pueden localizar en una partícula de suelo. Cada uno de estos microambientes tiene una determinada concentración de oxígeno, un determinado pH, etc.
En la naturaleza no encontramos poblaciones de microorganismos puros, si no que encontramos diferentes gremios y comunidades. Los gremios son conjuntos de especies que comparten relaciones de tipo metabólico, mientras que las comunidades son el conjunto de todos los microorganismos, gremios y poblaciones que componen dicho hábitat.